2004年6月被浙江省衛(wèi)生廳增掛“浙江省立育英醫(yī)院”牌子。

2005年8月購買溫州心血管病醫(yī)院，新增醫(yī)療用房建筑面積36996平方米和420張床位，設(shè)為溫醫(yī)附二院南浦院區(qū)。醫(yī)院現(xiàn)共有48個病區(qū)，41個臨床科室、60多個專科門診。2006年門急診量173萬人、年出院人數(shù)47492人，現(xiàn)有總床位數(shù)1693張。

醫(yī)院擁有2個浙江省高校重點扶植學(xué)科：兒科學(xué)和麻醉學(xué)。浙江省衛(wèi)生廳醫(yī)學(xué)重點學(xué)科5個：兒科學(xué)(小兒呼吸)、骨外科學(xué)（脊柱、顯微外科）、圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)、麻醉學(xué)、康復(fù)醫(yī)學(xué)；浙江省衛(wèi)生廳醫(yī)學(xué)重點扶植學(xué)科1個：小兒普通外科學(xué)；浙江省中醫(yī)藥管理局重點建設(shè)學(xué)科1個：中西醫(yī)結(jié)合肛腸病學(xué)科；浙江省中醫(yī)藥重點扶植學(xué)科：中西醫(yī)結(jié)合小兒腎內(nèi)科；浙江省中醫(yī)藥局重點專科：頸腰椎病?？啤⒅形麽t(yī)結(jié)合腦血管病?？啤⒅形麽t(yī)結(jié)合脊柱康復(fù)、小兒厭食癥?？?。醫(yī)院設(shè)有15個研究室和8個醫(yī)學(xué)院級以上醫(yī)療中心（浙江省小兒呼吸疾病診療中心、浙江省脊柱外科中心、中華醫(yī)學(xué)會疼痛分會第八臨床中心、溫州市小兒麻痹矯治中心、溫州市麻醉質(zhì)控中心、溫州市中西結(jié)合肛腸治療中心、溫州市交通事故急救中心和全國針炙醫(yī)療研究溫州分中心）。

第二臨床醫(yī)學(xué)院以醫(yī)院為依托，承擔臨床醫(yī)學(xué)、麻醉學(xué)、中醫(yī)學(xué)以及康復(fù)治療系的臨床教學(xué)任務(wù)和2557名學(xué)生的管理工作。每年接受來自全國各地高等醫(yī)學(xué)院校的本、?？茖嵙?xí)人員400多人次。1999年開始接受澳大利亞、奧地利、美國等外國幾所大學(xué)醫(yī)學(xué)院留學(xué)生實習(xí)。內(nèi)科、外科、婦產(chǎn)科、兒科、麻醉科、骨科、眼科、耳鼻咽喉科、影像科、臨床病理科、檢驗科等招收碩士研究生。2006年1月溫州醫(yī)學(xué)院獲得了博士學(xué)位授予權(quán)，同時，眼科、外科、婦產(chǎn)科成為博士點。

目前職工2472人，其中：醫(yī)生758人，護理人員1105人，醫(yī)技人員151人，藥劑人員96人，行政后勤327人。醫(yī)院的 職稱256人，中級職稱381人；博士26人，碩士230人；博導(dǎo)4人，碩士生導(dǎo)師61人。

2016.6.24本公司對其動物實驗室進行一個凈化實驗室的改造。